Институт образован на базе Федерального государственного бюджетного учреждения науки Научно-исследовательского института системных исследований Российской академии наук (далее - НИИСИ РАН) и Федерального государственного бюджетного учреждения науки Межведомственного суперкомпьютерного центра Российской академии наук (далее - МСЦ РАН) в результате реорганизации НИИСИ РАН в форме присоединения к нему МСЦ РАН в соответствии с приказом ФАНО России от 31 декабря 2014 г. № 1422.

НИИСИ РАН создан постановлением Президиума Академии наук СССР от 1 октября 1986 г. № 1173.

В соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 24 января 2006 г. № 21 в целях дальнейшего совершенствования структуры научных организаций Российской академии наук НИИСИ РАН был реорганизован путем присоединения к нему Института микропроцессорных вычислительных систем Российской академии наук и Института оптико-нейронных технологий Российской академии наук с прекращением деятельности последних в качестве юридических лиц. Институт является правопреемником Института микропроцессорных вычислительных систем Российской академии наук и Института оптико-нейронных технологий Российской академии наук.

МСЦ РАН создан постановлением/приказом Президиума Российской академии наук, Министерства науки и технической политики Российской Федерации, Государственного комитета Российской Федерации по высшему образованию и Российского фонда фундаментальных исследований от 28/24/25/21 июня 1996 г. № 9/89/256/22 как Государственное учреждение Межведомственный суперкомпьютерный центр.

Приказом-постановлением от 1 апреля 1998 г. № 43/4/11/16 Министерство науки и технологии Российской Федерации, Президиум Российской академии наук, Министерство общего и профессионального образования Российской Федерации и Российский фонд фундаментальных исследований постановили считать Государственное учреждение Межведомственный суперкомпьютерный центр научным учреждением, находящимся в совместном ведении Миннауки России и Российской академии наук.

С 1 января 2004 г. МСЦ РАН находится в ведении Российской академии наук, в связи с прекращением осуществления функций учредителя Министерством промышленности, науки и технологий Российской Федерации (приказ Минпромнауки России от 27 ноября 2003 г. № 262).

Постановлением Президиума Российской академии наук от 20 января 2004 г. № 19 МСЦ РАН переименован в Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук.

Согласно постановлению Президиума Российской академии наук от 18 декабря 2007 г. № 274 НИИСИ РАН переименован в Учреждение Российской академии наук Научно-исследовательский институт системных исследований РАН, МСЦ РАН - в Учреждение Российской академии наук Межведомственный суперкомпьютерный центр РАН.

Постановлением Президиума Российской академии наук от 13 декабря 2011 г. № 262 Учреждение Российской академии наук Научно-исследовательский институт системных исследований РАН переименован в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Научно-исследовательский институт системных исследований Российской академии наук, Учреждение Российской академии наук Межведомственный суперкомпьютерный центр РАН - в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Межведомственный суперкомпьютерный центр Российской академии наук.

В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ "О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации" и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р НИИСИ РАН и МСЦ РАН переданы в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).